东源食品安全实验室是伴随着建厂初期建立起来的，至今20多年。
实验室是参照ISO17025实验室认可服务的国际标准，建立起一套实验室管理体系，参照国家标准、行业标准以及日本等发达国进口国商检部门的检验标准，制定了成熟的检验方法和判定标准，确保检验结果的准确性。
实验室目前配置的设备有：美国AB质谱仪，安捷伦液相色谱仪，以及日本岛津气相色谱仪，岛津原子吸收分光光度计等设备，以及相关食品检验专业技术人员。这些配备和专业技术人员完全可以满足发达国家进口国对食品安全的检测要求。
另外实验室还具备对农药、兽药残留，重金属，理化指标以及微生物等方面的检测能力。
东源烤鳗建立了严格的食品安全监控流程：活鳗原料全部来自检验检疫机构备案的养殖场；
活鳗进厂前，要先到备案的养殖场进行预检，预检合格之后再安排进货；
活鳗到工厂后再次抽检，检验合格后才安排生产；成品入库之前实验还会再一次抽检检验，100%检验合格的产品才能进入销售流程。